นักวิทยาศาสตร์ในเอกวาดอร์เตือนว่าเอลนีโญที่แรงกว่าปกติอาจลดประชากรสัตว์มีกระดูกสันหลังของหมู่เกาะกาลาปากอสอย่างน้อย 20% ในปีนี้ และผลักพืชหายากไปสู่การสูญพันธุ์
หมู่เกาะกว่า 230 เกาะ มีเพียงสี่เกาะที่มีคนอาศัย ตั้งอยู่ห่างจากชายฝั่งเอกวาดอร์ราว 1,000 กิโลเมตรในแปซิฟิก เอลนีโญทำให้อุณหภูมิน้ำทะเลสูงขึ้นและนำฝนหนักมาสู่แปซิฟิกเส้นศูนย์สูตร
อุณหภูมิน้ำทะเลสูงกว่าปกติราว 4 องศาฟาเรนไฮต์
การคาดการณ์ล่าสุดจากสำนักงานบริหารมหาสมุทรและบรรยากาศแห่งชาติสหรัฐฯ ระบุอุณหภูมิผิวน้ำทะเลสูงกว่าปกติราว 2.2 องศาเซลเซียส หรือ 4 องศาฟาเรนไฮต์ ซึ่งเกินเกณฑ์ 2 องศาเซลเซียสที่นิยามเหตุการณ์รุนแรงมาก
แฟรงคลิน ออร์มาซา นักวิจัยที่โรงเรียนโปลีเทคนิคชั้นสูงแห่งชายฝั่ง กล่าวว่าผลกระทบต่อหมู่เกาะจะรุนแรง น้ำที่อุ่นขึ้นทำให้แพลงก์ตอน สาหร่าย และปลาเล็ก ซึ่งเป็นฐานอาหารของสัตว์ทะเลขนาดใหญ่แทบหายไป
สัตว์ป่าและป่ามีความเสี่ยง
วอชิงตัน ทาเปีย จากกลุ่มอนุรักษ์ไบโอไดเวอร์ซาเอกวาดอร์กล่าวว่าสปีชีส์ที่เสี่ยงที่สุดรวมถึงเพนกวินกาลาปากอส นกบูบีเท้าฟ้า นกพีเทรล นกกาน้ำบินไม่ได้ นกอัลบาทรอส และสิงโตทะเล พร้อมกับแนวปะการังและการประมงทูน่า
กุสตาโว จิเมเนซ จากมูลนิธิชาร์ลส์ดาร์วินกล่าวว่าอาณานิคมสัตว์หยุดสืบพันธุ์เมื่ออาหารขาดแคลน แล้วกระจายตัวออกหาอาหารและอดตายระหว่างทาง หลังเอลนีโญปี 2541 ซึ่งเป็นรอบที่ทำลายล้างที่สุดครั้งหนึ่ง เหลือเพนกวินเพียงราว 400 จาก 1,300 ตัวของหมู่เกาะ
บนบก ป่าสเกลเซียสามแห่งสุดท้ายอาจหายไป และกระบองเพชรออพุนเทียตามชายฝั่งก็ถูกคุกคามเช่นกัน นักวิทยาศาสตร์ไฮน์เคอ เยเกอร์กล่าว ฝนหนักเอื้อต่อพืชรุกรานที่โตเร็วอย่างแบล็กเบอร์รี ซึ่งเบียดแทนสปีชีส์พื้นเมือง
รัฐบาลเอกวาดอร์ มูลนิธิ และองค์กรพัฒนาเอกชนเริ่มโครงการกำจัดพืชรุกราน เก็บเมล็ดพันธุ์ และสร้างเรือนเพาะชำสำหรับสปีชีส์ที่ถูกคุกคาม หมู่เกาะนี้ได้รับการประกาศเป็นมรดกโลกทางธรรมชาติในปี 2521 และมีความหนาแน่นของสปีชีส์ที่พบเฉพาะที่นี่สูงที่สุดแห่งหนึ่งของโลก
ความแรงของเอลนีโญวัดโดยเปรียบเทียบอุณหภูมิน้ำในแปซิฟิกเส้นศูนย์สูตรกับค่าเฉลี่ยระยะยาว รอบนี้คาดว่าจะติดอันดับรุนแรงที่สุดในรอบหลายทศวรรษ และผลกระทบปรากฏแล้วทั่วภูมิภาคที่กว้างขึ้น ซึ่งพายุแปซิฟิกได้ถล่มฮาวาย