単一のヒトゲノムは、参照配列のほぼコピーにいくつかの誤植があるものではない。ある研究によれば、4.3〜5.3百万箇所で参照配列と異なる。普通のゲノムがどのようなものかを記述するこれまで最大の取り組みによるものだ。
エクセター大学医学部の研究者らは、UKバイオバンクと米国のAll of Usプログラムという二つのバイオバンクの約90万人の成人の全ゲノム配列からこの像を構築した。結果は『Genome Medicine』に掲載された。
変異は正常なケース
これら数百万の差異の大半は集団内で一般的で、遺伝子の外に位置し、健康に測定可能な影響を与える可能性は低い。個人の変異のうち希少なものは約1.5%に過ぎない。
平均的な人は遺伝子の機能を損なうと予測される変異を約229個持つが、その判定のうち高信頼度なのは約72%に過ぎない。遺伝性単一遺伝子疾患に関連する遺伝子のうち、典型的なゲノムはClinVarデータベースが病原性または病原性の可能性ありと分類する変異を1〜3個持つ。大半は劣性疾患の単一コピーであり、その人は患者ではなく健康な保因者となる。さらに約50個は意義不明の変異で、科学がまだその変化の意味を言えないものだ。
新規変異と父親の年齢
2,334組の親子トリオを用いて、チームは各人が約61個の新規変異を持って生まれ、さらに約2個が発生初期に生じると推定した。追跡可能な新規変異の75〜80%は父親由来だった。受胎時の父親の年齢が1歳増えるごとに約1.2個の新規変異が増え、母親の年齢では1歳ごとに約0.4個だった。
スクリーニングへの意味
遺伝子検査が希少疾患の診断から一般的疾患の予測へ移行するにつれ、この数字は重要になる。多くの小さな効果を組み合わせるポリジェニック・リスクスコアは、28の一般的疾患のうち約3つで平均的な人をリスク上位10%に位置づけた。正常とは何かの基準がなければ、高いスコアは誤読されやすい。
一つのバイアスが際立つ。アフリカ系祖先を持つ人は平均して約100万個多い変異を持っていた。参照ゲノムが主に欧州系の人々から構築されたためでもある。スクリーニングが拡大するにつれ、この格差は歴史的問題だけでなく技術的問題となる。