Yksittäinen ihmisen perimä ei ole lähes kopio viitesekvenssistä, jossa on muutama kirjoitusvirhe. Se eroaa siitä 4,3–5,3 miljoonassa kohdassa, kertoo laajin toistaiseksi tehty yritys kuvata, miltä tavallinen perimä näyttää.
Exeterin yliopiston lääketieteellisen tiedekunnan tutkijat rakensivat kuvan lähes 900 000 aikuisen kokogenomisekvensseistä kahdesta biopankista, UK Biobankista ja yhdysvaltalaisesta All of Us -ohjelmasta. Tulokset julkaistiin Genome Medicine -lehdessä.
Vaihtelu on normaali tapaus
Suurin osa näistä miljoonista eroista on väestössä yleisiä, sijaitsee geenien ulkopuolella, eikä niillä todennäköisesti ole mitattavaa vaikutusta terveyteen. Vain noin 1,5 prosenttia yksilön varianteista on harvinaisia.
Keskimääräinen ihminen kantaa noin 229 varianttia, joiden ennustetaan häiritsevän geenin toimintaa, vaikka vain noin 72 prosenttia näistä havainnoista on korkean varmuuden luokkaa. Perinnöllisiin yksigeenisiin sairauksiin liittyvissä geeneissä tyypillinen perimä sisältää yhdestä kolmeen varianttia, jotka ClinVar-tietokanta luokittelee patogeenisiksi tai todennäköisesti patogeenisiksi. Useimmat ovat resessiivisten tilojen yksittäisiä kopioita, mikä tekee henkilöstä terveen kantajan eikä potilaan. Lisäksi noin 50 on epävarman merkityksen variantteja, joissa tiede ei vielä pysty sanomaan, mitä muutos tekee.
Uudet mutaatiot ja isän ikä
Käyttäen 2 334 vanhempi–lapsi-triadia tiimi arvioi, että jokainen ihminen syntyy noin 61 uuden mutaation kanssa, plus noin kaksi muuta, jotka syntyvät varhaisessa kehityksessä. 75–80 prosenttia jäljitettävistä uusista mutaatioista tuli isältä. Jokainen lisävuosi isän iässä hedelmöityshetkellä liittyi noin 1,2 lisämutaatioon, kun taas äidin iän jokaista vuotta kohden noin 0,4:ään.
Mitä se tarkoittaa seulonnalle
Luvuilla on merkitystä, kun geenitestaus siirtyy harvinaisten sairauksien diagnosoinnista yleisten ennustamiseen. Polygeeniset riskipisteet, jotka yhdistävät monia pieniä vaikutuksia, sijoittivat keskimääräisen henkilön 10 prosentin korkeimpaan riskiryhmään noin kolmessa 28 yleisestä sairaudesta. Ilman käsitystä siitä, miltä normaali näyttää, korkea pistemäärä on helppo tulkita väärin.
Yksi harha erottuu. Afrikkalaisen esivanhemman omaavilla oli keskimäärin noin miljoona varianttia enemmän, osittain siksi, että viiteperimä rakennettiin pääosin eurooppalaista alkuperää olevista ihmisistä. Seulonnan laajentuessa tästä erosta tulee tekninen ongelma, ei vain historiallinen.