Ett enda mänskligt genom är inte en nästan kopia av referenssekvensen med några stavfel. Det skiljer sig från den på 4,3 till 5,3 miljoner ställen, enligt det hittills största försöket att beskriva hur ett vanligt genom ser ut.
Forskare vid University of Exeter Medical School byggde bilden från helgenomsekvenser av nästan 900 000 vuxna i två biobanker, UK Biobank och det amerikanska All of Us-programmet. Resultaten publiceras i Genome Medicine.
Variation är det normala
De flesta av dessa miljontals skillnader är vanliga i befolkningen, ligger utanför generna och har sannolikt ingen mätbar effekt på hälsan. Endast cirka 1,5 procent av en individs varianter är sällsynta.
Genomsnittspersonen bär cirka 229 varianter som förutspås störa en gens funktion, även om bara cirka 72 procent av dessa bedömningar är högkonfidenta. Bland gener kopplade till ärftliga monogena sjukdomar innehåller det typiska genomet en till tre varianter som ClinVar-databasen klassar som patogena eller sannolikt patogena. De flesta är enstaka kopior av recessiva tillstånd, vilket gör personen till en frisk bärare snarare än en patient. Ytterligare cirka 50 är varianter av osäker betydelse, där vetenskapen ännu inte kan säga vad förändringen gör.
Nya mutationer och faderns ålder
Med hjälp av 2 334 förälder-barn-trios uppskattade teamet att varje person föds med cirka 61 nya mutationer, plus cirka två till som uppstår tidigt i utvecklingen. Mellan 75 och 80 procent av de spårbara nya mutationerna kom från fadern. Varje extra år av faderns ålder vid befruktningen kopplades till cirka 1,2 fler nya mutationer, mot ungefär 0,4 för varje år av moderns ålder.
Vad det betyder för screening
Siffrorna spelar roll i takt med att gentestning går från att diagnostisera sällsynta sjukdomar till att förutsäga vanliga. Polygena riskpoäng, som kombinerar många små effekter, placerade genomsnittspersonen i de högsta 10 procenten av risk för cirka tre av 28 vanliga tillstånd. Utan en baslinje för hur normalt ser ut är en hög poäng lätt att misstolka.
En bias sticker ut. Personer med afrikansk härkomst bar i genomsnitt cirka en miljon fler varianter, delvis eftersom referensgenomet byggdes mestadels från personer av europeisk härkomst. I takt med att screeningen expanderar blir den klyftan ett tekniskt problem, inte bara ett historiskt.